diff --git a/cami_src/cami_suite.py b/cami_src/cami_suite.py index c1d13d5e2a3c994fb7e766225b5a5ce7ec69b0b1..91958a63aef68664b6a2823cef623cbf8d53dea8 100644 --- a/cami_src/cami_suite.py +++ b/cami_src/cami_suite.py @@ -296,46 +296,46 @@ class cami(): result_sets[tool] -= set(self.seed_lst) camis = { - # 'cami_v1': {'function': cami_v1.run_cami, 'params': {'consens_threshold': consens_threshold}}, - # 'cami_v2_param1_tr': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75 - # }}, - # 'cami_v2_param1_bc': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'betweenness' - # }}, - # 'cami_v2_param1_m': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'must' - # }}, - # 'cami_v2_param2_tr': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5 - # }}, - # 'cami_v2_param2_m': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'must', - # }}, - # 'cami_v2_param2_bc': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'betweenness' - # }}, - # 'cami_v3_param1_tr': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75 - # }}, - # 'cami_v3_param1_bc': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'betweenness' - # }}, + 'cami_v1': {'function': cami_v1.run_cami, 'params': {'consens_threshold': consens_threshold}}, + 'cami_v2_param1_tr': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75 + }}, + 'cami_v2_param1_bc': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'betweenness' + }}, + 'cami_v2_param1_m': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'must' + }}, + 'cami_v2_param2_tr': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5 + }}, + 'cami_v2_param2_m': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'must', + }}, + 'cami_v2_param2_bc': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'betweenness' + }}, + 'cami_v3_param1_tr': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75 + }}, + 'cami_v3_param1_bc': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'betweenness' + }}, 'cami_v3_param1_m': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { 'hub_penalty': 0.8, 'damping_factor': 0.5, 'confidence_level': 0.75, 'ranking': 'must' }}, - # 'cami_v3_param2_tr': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'trustrank' - # }}, - # 'cami_v3_param2_bc': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'betweenness' - # }}, - # 'cami_v3_param2_m': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'must' - # }}, - # 'cami_v3_param3_m': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { - # 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'must', 'trees': 15 - # }}, + 'cami_v3_param2_tr': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'trustrank' + }}, + 'cami_v3_param2_bc': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'betweenness' + }}, + 'cami_v3_param2_m': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'must' + }}, + 'cami_v3_param3_m': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': { + 'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5, 'ranking': 'must', 'trees': 15 + }}, } # create integer codes for cami_versions (needed for predicted_by vertex property)