From 889729d2ce54d0b2a40e8ca7ec23f509106ceb83 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Jack Christopher Hutchinson Rolph <jack.rolph@desy.de>
Date: Mon, 1 Aug 2022 15:57:25 +0200
Subject: [PATCH] Update PeakOTron.py
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PeakOTron.py | 24 +++++++++++++++++++++---
1 file changed, 21 insertions(+), 3 deletions(-)
diff --git a/PeakOTron.py b/PeakOTron.py
index a410070..29ab033 100644
--- a/PeakOTron.py
+++ b/PeakOTron.py
@@ -1226,14 +1226,19 @@ class PeakOTron:
if(self._verbose):
print("Fitting...")
- m_DRM.strategy=1
+ m_DRM.strategy=2
m_DRM.errordef=m_DRM.LIKELIHOOD
m_DRM.migrad(ncall = self._n_call_minuit,
iterate= self._n_iterations_minuit)
+ ########################################################################################################
+ ##Make a copy of the basic fit.
+ ########################################################################################################
+
+
+ m_DRM_GP = deepcopy(m_DRM)
-
-
+
########################################################################################################
##Perform second fit under hypothesis there are dark counts, afterpulses.
########################################################################################################
@@ -1246,6 +1251,19 @@ class PeakOTron:
m_DRM.strategy=2
m_DRM.migrad(ncall = self._n_call_minuit,
iterate= self._n_iterations_minuit)
+
+
+ ########################################################################################################
+ ## If the basic GP fit performs best, it means there isn't enough information between the peaks to fit dark counts/correlated noise. This fit is used
+ ## in preference.
+ ########################################################################################################
+
+ if(m_DRM_GP.fval < m_DRM.fval):
+ if(self._verbose):
+ print("Standard GP model fitted better than GP+DCR+AP. Implies peaks are too close to resolve inter-peak regions. DCR and pAp set to 0.")
+ m_DRM = m_DRM_GP
+
+
m_DRM.hesse()
self._m_DRM = m_DRM
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