added Processing_test.py v1.0

verarbeitung/Processing_test.py

+# -*- coding: utf-8 -*-
+"""
+Created on Wed Nov  3 16:54:43 2021
+
+@author: Malte Schokolowski
+"""
+
+from bs4 import BeautifulSoup as bs
+import requests as req
+import sys  
+from pathlib import Path
+import input_test as inp
+
+
+def process_main(array, depth):
+    #ERROR-Handling doi_array = NULL, Tiefe < 0 oder 1 ??? +
+    if (depth < 0):
+        print("Error, depth of search must be positive")
+    
+
+    
+    # leeres Array für die Knoten wird erstellt
+    # leeres Array für die Kanten wird erstellt
+    global V, E
+    V = []
+    E = []
+    
+    # Füge in Knoten-Array alle Starterknoten ein
+    for pub_doi in array:
+        pub = inp.input(pub_doi)
+        V.append(pub)
+    #print("\n")
+    process_rec(array, 0, depth)
+    return(V,E)
+    
+    
+def process_rec(array, depth, depth_max):  
+    depth += 1
+    for pub_doi in array:
+        # Input aufrufen und speichern   
+        pub = inp.input(pub_doi)
+
+        # Klasseninstanz bestehend aus u.a.
+        # Name, Autoren, DOI, Jahr, 
+        # was_wir_zitiert_haben, wo_wir_zitiert_wurden
+        for citation in pub._citations:
+            #print(pub.doi_url, ".\t", citation.doi_url, "\n")
+            #Knoten j erstellen, wenn noch unbekannt 
+            if (citation not in V):
+                if (depth <= depth_max):
+                    V.append(citation)
+                    #print(citation.doi_url, "\n")
+                    E.append([pub,citation])
+                    #print(pub.doi_url, ".\t", citation.doi_url, "\n")
+                            
+            else:
+                E.append([pub,citation]) # Kante erstellen, wenn citation bekannt, also wenn beide im Input sind oder bei Zyklus
+                    #print(pub.doi_url, ".\t", citation.doi_url, "\n")
+            
+            
+        #for k in wo_wir_zitiert_wurden:
+            #if (i != k):
+                #Knoten k erstellen, wenn noch unbekannt
+                #Kante erstellen von k nach i 
+                
+        if (depth < depth_max):
+            cit_arr = []
+            for citation in pub._citations:
+                if ("acs" in citation.doi_url):
+                    cit_arr.append(citation.doi_url)
+            process_rec(cit_arr, depth, depth_max)
+
+            
+    
+    # Knoten- und Kantenmenge zurückgeben
+    # {1,2,3,4,5} oder
+    # {{1="paper1",0}, {2 = "paper2"},1} oder
+    # {1="paper1", 2 = "paper2"}
+    # {(1,2),(2,3),(2,4)}
+    
+
+arr = []
+arr.append('https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b00249')
+arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.0c01332')
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00741')
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.accounts.1c00440')
+
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/ci700007b')
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00292')
+#url = sys.argv[1]
+#arr.append[url]
+
+V,E = process_main(arr,1)
+
+for vortex in V:
+    #print(vortex, "\n")
+    print(vortex.doi_url, "\n")
+print("\n")
+for i in range(len(E)):
+    #print(edge,"\n")
+    print(E[i][0].doi_url, ", ",E[i][1].doi_url, "\n")
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verarbeitung/Processing_test_doi.py

+# -*- coding: utf-8 -*-
+"""
+Created on Wed Nov  3 16:54:43 2021
+
+@author: Malte Schokolowski
+"""
+
+from bs4 import BeautifulSoup as bs
+import requests as req
+import sys  
+from pathlib import Path
+import input_test as inp
+
+
+
+def process_main(array, depth):
+    #ERROR-Handling doi_array = NULL, Tiefe < 0 oder 1 ??? +
+
+    if (depth < 0):
+        print("Error, depth of search must be positive")
+    
+
+    
+    # leeres Array für die Knoten wird erstellt
+    # leeres Array für die Kanten wird erstellt
+    global V, E
+    V = []
+    E = []
+    
+    # Füge in Knoten-Array alle Starterknoten ein
+    for pub in array:
+        V.append(pub)
+    #print("\n")
+    process_rec(array, 0, depth)
+    return(V,E)
+    
+    
+def process_rec(array, depth, depth_max):  
+    depth += 1
+    for pub_doi in array:
+        # Input aufrufen und speichern
+        #print(pub_doi)
+        pub = inp.input(pub_doi)
+        #for cit in pub._citations:
+            #print(pub.doi_url, cit.doi_url)
+        # Klasseninstanz bestehend aus u.a.
+        # Name, Autoren, DOI, Jahr, 
+        # was_wir_zitiert_haben, wo_wir_zitiert_wurden
+
+        for citation in pub._citations:
+            #print(pub.doi_url, ".\t", citation.doi_url, "\n")
+            #Knoten j erstellen, wenn noch unbekannt 
+            if (citation.doi_url not in V):
+                if (depth <= depth_max):
+                    V.append(citation.doi_url)
+                    #print(citation.doi_url, "\n")
+                    E.append([pub.doi_url,citation.doi_url])
+                    #print(pub.doi_url, ".\t", citation.doi_url, "\n")
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+            else:
+                E.append([pub.doi_url,citation.doi_url]) # Kante erstellen, wenn citation bekannt, also wenn beide in gleicher Tiefe sind oder bei Zyklus
+                    #print(pub.doi_url, ".\t", citation.doi_url, "\n")
+            
+            
+        #for k in wo_wir_zitiert_wurden:
+            #if (i != k):
+                #Knoten k erstellen, wenn noch unbekannt
+                #Kante erstellen von k nach i 
+                
+        if (depth < depth_max):
+            cit_arr = []
+            for citation in pub._citations:
+                if ("acs" in citation.doi_url):
+                    cit_arr.append(citation.doi_url)
+            process_rec(cit_arr, depth, depth_max)
+        #else:
+            #print("--- %s seconds ---" % (time.time() - start_time))
+        #process_rec(wo_wir_zitiert_wurden, depth -1)'''
+            
+    
+    # Knoten- und Kantenmenge zurückgeben
+    # {1,2,3,4,5} oder
+    # {{1="paper1",0}, {2 = "paper2"},1} oder
+    # {1="paper1", 2 = "paper2"}
+    # {(1,2),(2,3),(2,4)}
+    
+
+arr = []
+arr.append('https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b00249')
+arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.0c01332')
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00741')
+
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/ci700007b')
+#arr.append('https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00292')
+#url = sys.argv[1]
+#arr.append[url]
+
+V,E = process_main(arr,2)
+
+for vortex in V:
+    print(vortex, "\n")
+print("\n")
+for edge in E:
+    print(edge,"\n")
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verarbeitung/processing_pseudo.py

+# -*- coding: utf-8 -*-
+"""
+@author: Malte Schokolowski
+"""
+
+def process_main(doi_array, depth):
+    #ERROR-Handling doi_array = NULL, Tiefe < 0 oder 1 ??? 
+    
+    # leeres Array für die Knoten wird erstellt
+    # leeres Array für die Kanten wird erstellt
+    
+    # Füge in Knoten-Array alle Starterknoten ein
+    process_rec(doi_array, depth)
+    
+def process_rec(doi_array, depth):  
+    for i in range(len(doi_array)):
+        # Input aufrufen und speichern
+        # Klasseninstanz bestehend aus u.a.
+        # Name, Autoren, DOI, Jahr, 
+        # was_wir_zitiert_haben, wo_wir_zitiert_wurden
+        for j in range(len(was_wir_zitiert_haben)):
+            #Knoten j erstellen, wenn noch unbekannt
+            #Kante erstellen von i nach j
+        for k in range(len(wo_wir_zitiert_wurden)):
+            if (i != k):
+                #Knoten k erstellen, wenn noch unbekannt
+                #Kante erstellen von k nach i 
+        process_rec(was_wir_zitiert_haben, depth-1)
+        process_rec(wo_wir_zitiert_wurden, depth -1)
+            
+    
+    # Knoten- und Kantenmenge zurückgeben
+    # {1,2,3,4,5} oder
+    # {{1="paper1",0}, {2 = "paper2"},1} oder
+    # {1="paper1", 2 = "paper2"}
+    # {(1,2),(2,3),(2,4)}
+        
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