reduced consensus approach to trustrank

cami_src/cami_suite.py

@@ -349,38 +349,13 @@ class cami():
         for tool in result_sets:
             result_sets[tool] -= set(self.seed_lst)
         
-        params_1 = {'consens_threshold': [consens_threshold],
-                    'function': {'cami_v1': cami_v1.run_cami}}
-        
-        params_0 = {'function': {'union':cami_v1.make_union, 
-                                 'intersection':cami_v1.make_intersection,
-                                 'first_neighbours': cami_v1.make_first_neighbor_result_set}
-                    }
-        
-        params_tr = {'hub_penalty': [0.5], 
-                     'damping_factor': [0.5], 
+        params_tr = {'hub_penalty': [0.25],
+                     'damping_factor': [0.7], 
                      'confidence_level': [0.5],
                      'ranking': ['trustrank'],
-                     'function': {'cami_v2': cami_v2.run_cami, 
-                                  'cami_v3':cami_v3.run_cami}}
+                     'function': {'cami_v3':cami_v3.run_cami}}
         
-        params_b_m = {'hub_penalty': [0.5], 
-                     'confidence_level': [0.5],
-                     'ranking': ['betweenness', 'harmonic'],
-                     'function': {'cami_v2': cami_v2.run_cami,
-                                  'cami_v3':cami_v3.run_cami}}        
-                
-        # params_b_m = {'hub_penalty': [0, 0.25, 0.5, 0.75, 1.0], 
-        #              'confidence_level': [0.2, 0.35, 0.5, 0.75],
-        #              'ranking': ['betweenness', 'harmonic'],
-        #              'function': {'cami_v2': cami_v2.run_cami,
-        #                           'cami_v3':cami_v3.run_cami}}
-        
-        c = generate_param_combinations(params_0)
-        cami_setting_list = generate_param_combinations(params_0)+\
-                            generate_param_combinations(params_1)+\
-                            generate_param_combinations(params_tr)+\
-                            generate_param_combinations(params_b_m)
+        cami_setting_list = generate_param_combinations(params_tr)
 
         camis = {}
         for setting in cami_setting_list:
@@ -390,48 +365,6 @@ class cami():
                 func_name = setting[0]
             
             camis[func_name] = setting[2]
-        # camis = {
-        #     'union': {'function': cami_v1.make_union, 'params': {}},
-        #     'intersection': {'function': cami_v1.make_intersection, 'params': {}},
-        #     'first_neighbors': {'function': cami_v1.make_first_neighbor_result_set, 'params': {}},
-        #     'cami_v1': {'function': cami_v1.run_cami, 'params': {'consens_threshold': consens_threshold}},
-        #     'cami_v2_param1_tr': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0.3, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v2_param1_b': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0.3,  'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'betweenness', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v2_param1_hc': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0.3, 'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'harmonic', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v2_param2_tr': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v2_param2_b': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0,  'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'betweenness', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v2_param2_hc': {'function': cami_v2.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0,  'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'harmonic', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v3_param1_tr': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0.3, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v3_param1_b': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0.3,   'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'betweenness', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v3_param1_hc': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0.3,  'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'harmonic', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v3_param2_tr': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0, 'damping_factor': 0.7, 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v3_param2_b': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0,   'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'betweenness', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        #     'cami_v3_param2_hc': {'function': cami_v3.run_cami, 'params': {
-        #         'hub_penalty': 0,  'damping_factor': 0.7, 'ranking': 'harmonic', 'confidence_level': 0.5
-        #     }},
-        # }
 
         # transform all vertex indices to their corresponding gene names in a result set
         for tool in result_sets: